1、思想認識不足
       由于生態(tài)農(nóng)業(yè)涉及整個大農(nóng)業(yè)甚至整個區(qū)域國土資源的合理開發(fā)利用，其效益往往具有全局性和長期(滯后)性，仍有相當部分的行政領(lǐng)導和農(nóng)民還擔心生態(tài)農(nóng)業(yè)會打亂原來的正常生產(chǎn)和生活，會損害當?shù)氐慕?jīng)濟利益，影響自己的政績或收入。
       價值觀念滯后、生態(tài)意識淡薄，是思想認識障礙的深層原因。群眾中“產(chǎn)品高價、資源低價、環(huán)境無價”的舊觀念仍然根深蒂固，許多地方政府在實踐中很難正確處理全局的、長遠的生態(tài)效益和局部的、短期的經(jīng)濟利益之間的關(guān)系，在衡量干部政績時，往往也是多考慮經(jīng)濟效益，少考慮甚至不考慮生態(tài)效益。
       對世界農(nóng)業(yè)和全球市場經(jīng)濟發(fā)展形勢認識不足。我國加入世界貿(mào)易組織后，市場競爭更為激烈，靠犧牲環(huán)境來發(fā)展經(jīng)濟爭取出口創(chuàng)匯將越來越艱難。相反，劣質(zhì)農(nóng)產(chǎn)品極可能連國內(nèi)市場也守不住。但目前仍有相當部分干部群眾對此沒有危機感，對生態(tài)農(nóng)業(yè)在解決此類問題中的作用知之甚少。
       2、資源與環(huán)境基礎(chǔ)差
       長期以來，不少農(nóng)村人口過多、勞動力過剩，人均自然資源短缺而且浪費嚴重。人地矛盾突出，土地退化嚴重，草場退化、沙化、沙漠化趨勢仍在發(fā)展，能源緊缺、植被破壞、水土流失、自然災害等一系列問題不斷加劇，而且農(nóng)業(yè)基礎(chǔ)設施差，抗災力弱，不少地區(qū)仍未能走出人口增長—生態(tài)環(huán)境破壞—經(jīng)濟社會發(fā)展遲緩的惡性循環(huán)。隨著工業(yè)化和城鎮(zhèn)化進程的不斷推進，環(huán)境污染也不斷向農(nóng)村轉(zhuǎn)移。
       3、資金投入缺乏
       許多農(nóng)村特別是生態(tài)環(huán)境問題突出的地區(qū)，經(jīng)濟基礎(chǔ)薄弱，許多地方政府財政入不敷出，不可能主動對生態(tài)環(huán)境保護進行太多投資，影響了植樹造林、興修水利、修筑沼氣池等生態(tài)農(nóng)業(yè)基礎(chǔ)工程建設。長期以來，我國對農(nóng)業(yè)的財政投入嚴重不足，對農(nóng)產(chǎn)品生產(chǎn)者補貼等值指數(shù)(PSE)長期都是負值，如1994年的PSE值為-10.9%。而一些發(fā)達國家1986年P(guān)SE值平均為51%，遠遠高于我國及一些發(fā)展中國家，水平最高的是日本，高達75%。就發(fā)展中國家來看，也有一些國家的PSE值為正，如印度、巴西分別為14%和15%。我國是PSE值最低的國家之一。
       4、技術(shù)與人才短缺
       我國農(nóng)村人口素質(zhì)整體偏低，人口增長與農(nóng)村教育、醫(yī)療衛(wèi)生等事業(yè)發(fā)展不相適應。據(jù)有關(guān)統(tǒng)計資料，目前農(nóng)村成年人口中文盲半文盲占30%以上，掌握一門以上農(nóng)科技術(shù)的人不多，掌握生態(tài)農(nóng)業(yè)知識和技術(shù)的更少，許多農(nóng)民不懂得化肥農(nóng)藥除草劑使用的基本知識，濫用而造成污染危害現(xiàn)象仍很嚴重。還由于農(nóng)業(yè)比較利益低下，許多農(nóng)村素質(zhì)較好的青壯年大量外流，只剩下素質(zhì)不高的老人和婦女，與生態(tài)農(nóng)業(yè)建設要求不相適應。
       5、法規(guī)建設和管理滯后障礙
       雖然國家制定了一系列環(huán)保法律法規(guī)和標準，但農(nóng)村生態(tài)環(huán)境保護法制建設落后于國外先進國家和地區(qū)，也落后于我國其它領(lǐng)域如城市環(huán)保和工業(yè)企業(yè)環(huán)保法制的建設，有關(guān)農(nóng)業(yè)生態(tài)環(huán)境保護的法律法規(guī)還不夠健全，許多條款可操作性不強，難以適應生態(tài)農(nóng)業(yè)建設的需要；而且農(nóng)業(yè)環(huán)境監(jiān)測和環(huán)境執(zhí)法力量薄弱，影響了法規(guī)的執(zhí)行。由于市場經(jīng)濟比較利益的驅(qū)動，只有使農(nóng)民進行生態(tài)農(nóng)業(yè)建設的效益能在市場價值中得到體現(xiàn)，才能真正促使農(nóng)民自覺自愿地發(fā)展生態(tài)農(nóng)業(yè)。